1937 жылы Алматыдағы Марксизм-ленинизм институтын бiтiрген соң бiрден осы жерге қызметке алынып, кейiн Марксизм-ленинизм қазақ ғылыми-зерттеу институтының директоры да болды. 1938 жылдың сәуiрiнен 1940 жылдың желтоқсанына дейiн “Социалистiк Қазақстан” газетiнiң жауапты редакторы мiндетiн атқарды. Осымен бiр мезгiлде Алматы жоғары оқу орындарында дәрiс те бердi.
С.Бәйiшев Ұлы Отан соғысына басынан аяғына дейiн қатысып, 100-шi атқыштар бригадасының, 364-шi атқыштар дивизиясының саяси бөлiм бастығы болды, Кеңес Армиясы Саяси бас басқармасы аппаратында жауапты қызметтер атқарды.
1946-1956 жылдары ол Қазақстан КП Орталық Комитетi жанындағы Партия тарихы институтының директоры, 1956-1968 жылдары қазақ КСР Ғылым академиясының вице-президентi болуымен қатар Экономика институтының директоры (1963-1967ж.ж.), осы институттың бөлiм меңгерушiсi (1968-1982 ж.ж.) қызметтерiн атқарды. Осы жылдар iшiнде ғалым елiмiзде ғылыми кадрлар даярлау, жаңа ғылым салаларын қалыптастыру iсiне елеулi үлес қосты. Қазақстандағы социал-демократиялық қозғалыстың тарихын жазу, марксизм-ленинизм классиктерiнiң шығармаларын қазақ тiлiне аударып, басып шығару жөнiнде үлкен ұйымдастыру жұмыстарын жүргiздi.
С.Бәйiшевтiң ғылыми еңбектерi Қазақстандағы қоғамдық ұйымдардың тарихын, республика экономикасының даму кезеңдерi мен саяси экономика мәселелерiн зерттеуге арналған. Ол Ш.Уәлиханов атындағы сыйлықтың лауреаты. Көптеген ордендермен және медальдермен наградталған.
