Ақерке Ахметова өз еңбек жолын 1991 жылы бастаған. Түрлі жылдары коммерциялық салада жұмыс істеді.
2000 жылдан бастап ҚР Әділет министрлігінің құрылымында жұмыс істей бастады. Бас маман, халықаралық келісімшарттар жобаларын сараптау бөлімінің басшысы, Департамент директорының орынбасары қызметтерін атқарған.
2015-2017 жылдары – Әділет министрлігінің Халықаралық құқық және ынтымақтастық департаментінің директоры.
2018 жылғы наурыздан қазіргі таңға дейін Әділет министрлігінің Мемлекеттік мүлік құқығын қорғау департаментінің директоры болған.
2019 жылдың қыркүйек айынан бастап әділет вице-министрі қызметін атқарған.
