Исаковқа Бішкектегі Жылу электр станциясын (ЖЭС) модернизациялау ісі бойынша қозғалған қылмыстық іс аясында "сыбайлас жемқорлық" айыбы тағылған. Исаков 29 мамырда Ұлттық қауіпсіздік жөніндегі мемлекеттік комитетінде (ҰҚМК) кезекті рет тергелді. Ол алғаш рет тергеуге 26 сәуірде шақырылған.
Тергеу долбары бойынша, Сапар Исаков 2013 жылы Қырғызстан президенті аппаратында сыртқы саясат бөлімін басқарып тұрған кезінде, "Бішкек қаласы ЖЭС-ін модернизациялау" жобасын жүзеге асыру барысында қызметін пайдаланып, мердігерді конкурста іріктеп алу кезінде шетелдік компанияның мүддесін қорғаған. Нәтижесінде мемлекетке орасан зор шығын келген.
