С. Шәпкенов 1979 жылы Батыс Қазақстан облысы Қаратөбе ауылында туған. Батыс Қазақстан мемлекеттік университетін «экономист-математик» мамандығы бойынша бітірген.
Еңбек жолын 2000 жылы Батыс Қазақстан мемлекеттік университетінде оқытушы болып бастаған. Түрлі жылдары Батыс Қазақстан облысы әкімінің аппараты құрылымында жұмыс істеген.
2012-2015 жылдары Батыс Қазақстан облысы әкімінің бірінші орынбасары болды.
2015-2016 жылдары — ҚР Президенті Әкімшілігінің Мемлекеттік бақылау және аумақтық ұйымдастыру жұмысы бөлімінің мемлекеттік инспекторы.
2016-2018 жылдары — Атырау қаласының әкімі.
2018 жылы Атырау облысы әкімінің бірінші орынбасары болды.
Еске сала кетейік, Серік Шәпкенов 2020 жылдың 4 маусымында Еңбек және халықты әлеуметтік қорғау вице-министрі болып тағайындалған еді.
Айта кетейік, бұған дейін аталған министрлікті Нұрымбетов Біржан Бидайбекұлы басқарған болатын.