Ержан Сәрсенбай 2001 жылы қараша айынан 2006 жылғы шілде айына дейін Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігінде жетекші маман лауазымынан басқарма басшысы лауазымына дейін қызмет атқарған.
2006-2007 жылдар сәуір айына дейін Қазақстан Республикасы Премьер-Министрі Кеңсесі Әлеуметтік-мәдени даму бөлімі Ғылым және инновациялық қызмет секторының меңгерушісі.
2007 ж. мамыр айынан 2010 ж. қараша айына дейін «Қазақстан Даму Банкі» АҚ Жобаларға агенттік қызмет көрсету басқармасының басшысы.
2011 ж. мамыр айынан 2014 ж. ақпан айына дейін «НК Продкорпорация» АҚ Несиелендіру және несиені әкімшілендіру департаментінің директоры.
2015 ж. қаңтар айынан 2017 ж. ақпан айына дейін Қазақстан Республикасы Ұлттық экономика министрлігі Экономика салаларын дамыту департаменті директорының орынбасары.
2017 ж. ақпан айынан 2021 ж. ақпан айына дейін Қазақстан Республикасы Ұлттық экономика министрлігі Мемлекет міндеттемелерін басқару және қаржы секторын дамыту саясаты департаментінің директоры.
2021 жылғы ақпан айына дейін «Қазақстандық мемлекеттік – жеке меншік әріптестік орталығы» АҚ Басқарма төрағасы болған.
