Қазақстан әскери-теңіз күштерінің тарихына шегініс жасап көретін болсақ, 1993 жылдың 2 сәуірінде ҚР Президентінің Жарлығымен құрылған-ды. Бастапқыда Ақтау қаласында әскери-теңіз базасында құрылған әскери-теңіз базасы 1999 жылдың шілде айында Қазақстан Республикасы ҰҚК Шекара қызметі Теңіз бөлімдерінің құрамына кірді. 2003 жылдың 7 мамырында Қазақстан Республикасы Президентінің «Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерiнiң құрылымын одан әрi жетiлдіру жөнiндегi шаралар туралы» №1085 Жарлығы шықты. Осы сәттен бастап Әскери-теңіз күштері Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің жеке бағыты ретінде қалыптасты.
Бүгінде Каспий өңірі Қазақстанның экономикасы үшін маңызды аймақ болып табылады. Каспий теңізінің қазақстандық бөлігінде республиканың мемлекеттік шекарасын, аумақтық тұтастығын, егемендігі мен экономикалық мүдделерін қорғауды басты назарында ұстайтын әскери-теңіз сарбаздары қарулы қақтығыстарды оқшаулау және алдын алуға атсалысу, порттық аймақты, мұнай табу нысандары орналастырылған жасанды аралдар және платформаларды қоса алғанда сулы аудандарды қорғау және күзету, т.б. мемлекет қауіпсіздігі үшін ерекше нысандар бойынша қырағы күзетте тұрады. Мемлекетіміздің тәуелсіздігі жылдарында Әскери-теңіз күштері қажетті тәжірибе жинақтап, мемлекетіміздің әскери қауіпсіздігін қамтамасыз ету мүддесінде жауынгерлік және жұмылдыру әзірлігін жетілдіріп келеді. Бүгінде Әскери-теңіз күштері Каспий маңындағы елдер арасында күштерді орналастыруда айрықша орынға ие екенін және өңірдегі тұрақтылықтың кепілі деуге негіз бар.