Айдар Маратұлы еңбек жолын 2000 жылы Шығыс Қазақстан облыстық «Дидар» газетінің тілшісі ретінде бастаған.
2004-2009 жылдары Шығыс Қазақстан облысы әкімінің баспасөз қызметінің жетекші маманы, облыс әкімі аппараты ұйымдастыру - инспекторлық бөлімінің бас маманы, Шығыс Қазақстан облысы әкімі орынбасарының көмекшісі, ұйымдастыру - инспекторлық бөлімінің талдау және әлеуметтік-саяси жағдайлар секторының бас маманы, 2009-2010 жылдары Шығыс Қазақстан облысы денсаулық сақтау басқармасының әкімшілік бөлімінің бастығы, Шығыс Қазақстан облысы білім басқармасының әкімшілік бөлімінің бастығы, 2010-2012 жылдары Шығыс Қазақстан облысы мәдениет басқармасының мәдениет және өнер бөлімінің бастығы болды.