Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университетінің құрамына алты ірі ғылыми-зерттеу институты мен екі тәжірибелік шаруашылық берілді.
Олар – Қазақ егіншілік және өсімдік шаруашылығы ғылыми-зерттеу институты өз тәжірибелік шаруашылығымен бірге, Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндіру ғылыми-зерттеу институты, Ө.О.Оспанов атындағы Қазақ топырақтану және агрохимия ғылыми-зерттеу институты, Қазақ жеміс-көкөніс шаруашылығы ғылыми-зерттеу институты, Қазақ қайта өңдеу және тамақ өнеркәсібі ғылыми-зерттеу институты, Қазақ агроөнеркәсіп кешені экономикасы және ауылдық аумақтарды дамыту ғылыми-зерттеу институты және «Меркі» ЖШС-ның тәжірибелік шаруашылығы.
Осылайша, шетелдік жетекші жоғары оқу орындарының тәжірибесіне сәйкес Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университеті қазіргі заманғы функционалдық интеграцияланған жүйе саналатын сапалы зерттеу университетінің жаңа деңгейіне көтерілді. Яғни ғылым – білім – өндіріс (зертхана – аудитория – тәжірибелік шаруашылық) бағытында жұмыс істемек. Университеттердің дәл осындай классикалық моделі ғылым мен білімді дамытудың ұлттық стратегиясының негізгі басымдығы бола алады.
Біріншіден, студенттер заманауи жоғары білім алып, ғылыми тәжірибеге ие болады. Болашақта білікті, бәсекеге қабілетті кадр атана отырып, агроөнеркәсіп саласының интеллектуалды элитасын құрайды. Екіншіден, ғылымға жас таланттардың келуі күшейіп, қазіргі нарықта қажетті ғылыми зерттеулердің тиімділігі мен сұранысы артады. Үшіншіден, интеграциялық үдерістерді күшейту мақсатында Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университетінің барлық әлеуеті – ғылыми зерттеу орталықтары, заманауи зертханалары, жас ғалымдарға арналған жатақханалар болашақта практикалық дағдылары қалыптасқан жоғары оқу орнының еншілес ұйымдарымен бірлесіп пайдаланылады.
Бұл ретте, ғылыми-зерттеу институттары мен университет ғалымдарының бірлескен ғылыми әзірлемелерінің нәтижелері өндіріске енгізіліп қана қоймай, жаңа білім беру бағдарламаларының пайда болуына ықпал етеді. Өз кезегінде бұл ғылыми кадрларды даярлау сапасын арттыруға мүмкіндік береді. Ғылыми-зерттеу институттары мен тәжірибелік өндірістік шаруашылықтар бұдан былай «Ұлттық аграрлық ғылыми-білім беру орталығын» ұстауға дивидендтер төлемейді. Бұл қомақты қаражат өз ұжымдарының дамуына қалдырылады.